Generell ist das Layout des ASUS P9X79 WS durchdacht. Einmal mehr praktisch sind beispielsweise die gewinkelten SATA-Anschlüsse sowie die Power- und Reset-Buttons. Das P9X79 WS wurde gar mit einer Debug-Anzeige ausgestattet. Bei den insgesamt sechs Full-Size-Express-Slots ist es schliesslich nicht anders zu erwarten, dass der letzte Slot an der Board-Unterkante platziert wird. Verbaut man an dieser Stelle eine Dual-Slot-Grafikkarte, so werden die direkt darunder befindlichen Anschlüsse sowie auch die Power- und Reset-Buttons verdeckt. Um ausreichend Platz für den obersten der sechs PCI-Express-Anschlüsse zu schaffen, musste dieser sehr weit oben, sprich sehr nahe an den DIMM-Slots platziert werden. Dadurch war ASUS auch gezwungen einen Teil der Spannungsversorgung an einem anderen Ort als unterhalb der CPU zu platzieren. So findet man diese nun zwischen dem ATX-Stromanschluss und den DIMM-Slots auf der rechten Seite der Platine. Die Platzierung ist ungewöhnlich aber durchaus gelungen, jedoch nur realisierbar, wenn es sich um eine Formfaktor handelt der mehr Platz bietet als ATX.